一、设计方案不合理。主要是地下连续墙设置深度不足，插入深度不到1倍，据西南交大地质专家曹教授分析，在杭州地区，因土层软，水量丰富，至少要达1.5倍,甚至2倍，他说这样的问题在东南沿海城市地铁施工中就已暴露，并发生了事故，可惜杭州地铁却没有吸取这样的教训，致使事故再次重演。中国唯一的地铁及隧道专业顶级设计院的副总工程师万总也认为1倍的深度，可能是临界状态，是一种整体的滑移破坏，整个地铁结构就象坐在一个不稳定的西瓜皮上，在内部再如何加强，都与事无补，即是在施工阶段不出现问题，正式运营也会出现，从而造成更惨重的结果。据了解，承担此次设计任务的设计院为北方某设计院，据该院设计师介绍，他们对南方地铁，尤其杭州复杂地质条件下如何设计有些还没有足够的认识，这可能也会导致隐患的发生。
　　二、风情大道汽车荷载超标严重。据杭州市交通部门透露的信息，原道路设计车流量为3000辆，因附近几条道路整修，所有车辆均从风情大道通过，预计达30000辆/日，超标10倍，且有大量超重车通行，而设计单位根本没有预料到这样的情况，造成地铁工程承受严重过多的的荷载，从而发生重大事故。据称施工单位多次向资方反应，要求限制车辆通行，且报告路面出现裂纹和下沉的现象，但资方反应冷淡，说要限制车辆通行，他说了不算，有本事自己去找市长，拒绝受理，态度相当-。
　　三、典型的地方政绩工程，为少数大款、官老爷服务的工程。这表现在急功近利、贪图虚名，不坚持科学的发展观，不按经济规律办事，靠拍脑袋、靠谁官大谁就说了算办事。据调查，杭州地铁至少存在以下严重问题：
　　好大喜功，盲目求快。杭州地铁1号线国家发改委批复完工日期为2010年，而该线主管部门的部分领导，不顾在拆迁滞后一年，于今年6月才实际开工的客观实事，仍要求工期提前至2009年完成，实际工期仅1年半，要求打造全国最快，甚至世界第一快的“杭州”速度（据查资料，合理的工期应为3~4年，而国外发达国家却往往为6~7年），迫使将原分段分层的开挖方法改变为大区段整体开挖，以满足工期要求。
　　拍脑袋决策，长官意见代替专家论证，少数富人的利益代替人民群众利益。对一个城市地铁路网的层次和分工缺乏系统性、整体性的考量；线路设计的前期论证做得不够扎实，开工不久就左改右改，造成重大的工程变更和投资失控，给后期工作带来很多隐患。据杭州市规划局一名官员表示：根据2005年6月国务院批准的杭州地铁方案，湖滨站口设在西湖大道与延安路的交叉点上。但在2007年3月，这个已经通过法定程序的规划突然被“稍做调整”，改从延安路和将军路斜穿通过开元路至西湖大道。同时，一号线江南终点站由城厢街道变更为远离萧山老城区的湘湖区块。由于该区域并无密集居住区，仅有宋城、万科等集团开发在建的高档别墅区，该方案一经公布就曾广遭质疑，认为是为少数富人服务，而特意设线于此。专家也认为在如此复杂地质区域设线，必然面临巨大的安全风险。但极少数当权者置民意与专家意见，仍然选择了一条面临巨大风险的线路。我们不禁要问，这里面是否有无-沟结的问题。
　　不坚持科学发展观，不按客观规律办事，盲目压缩投资，也是造成该起事故的重要原因。在前期的策划阶段，就有专家指出出事的湘湖路车站，原为一条河流，后被回填而成，地质条件极差，不宜采用造价低廉的明挖法进行施工，认为该方案严重破坏环境，损害居民利益，施工过程风险大，极易造成群死群伤的恶性事故，建议采用暗挖盾构法施工。但资方因担心成本过高，影响运营利润，予以否决。与此形成鲜明对比的是北京军博地铁车站，地质条件要比杭州地铁好得多，但专家仍建议采用暗挖盾构法施工，北京主管部门果断采用了此合理建议。据了解，投资方为减少建设投资，不断压缩各个环节的投入成本，各种安全措施不断弱化，如：取消基底加固，不愿投入因交通管制还需增加的费用，致使车辆通行数量严重超标等。对此设计部门也有相对大的苦衷，设计不得不偏于冒险。
　　四、有专家指出杭州地铁存在“边规划、边建设、边修改、边拆迁”等N边不科学现象。各种不合理的情况，最终不在施工阶段暴发，就会在运营阶段暴发，据知情人介绍，在拆迁红线范围内的别墅在事故几天内仍未拆迁，增加了许多多余的荷载。据资方一位不愿透露姓名的人士说，杭州地铁至今仍有很多手续尚未完善，如安全生产许可证，未到工商行政部门备案等，可以说是一个典型的违规工程。